pagenaviを導入してテーマ改造すると何で二重に表示されるので何でだとぐぐってたら原因発覚。
利用中のプラグイン、Vicuna Adaptorはテーマの改造なしでpagenaviを使える賢い子なのでした（知らなかった！
私は余計な手間をかけていたようです。

参考：wp.Vicuna Ext.1.58 & Vicuna Adaptor 0.11