3にあげるためにはMySQLを4から5にする必要があって、パスの変更ぐらいと思ったらすごく面倒だった。
さくらで5にしようと思うとDBのバックアップ→DB削除(!)→SQLを5に選択→インポートという手段を踏む必要があります。

手順は
ORANGE AGE Weblog - さくらインターネットのレンタルサーバでデータベースのデータがphpMyAdminからインポートできないときの対処方法

正直この通りなのですが、すごく時間がかかりました(思わず白目を剥くほどに
昨日夜から今日の昼過ぎまで閲覧不能モードが続いていたのはそういうことです。